Prefixes mentioned on the external list on the FHIR Code Systems page. This list is mostly complete. Notably, some entries that have not been curated:
0000009atcc)
clinicaltrials)
clinvar.variation)
cosmic.gene)
Provider
cpt)
cvx)
dbsnp)
dicom)
dsm5)
ensembl)
hc.din)
hc.npn)
hgnc)
hl7.v2codesystem)
hl7.v3codesystem)
icd10)
icd9)
icf)
ietf.language)
imgt.hla)
iso.3166)
loinc)
lrg)
ncit)
ndc)
ndfrt)
nucc.taxonomy)
omim)
pharmgkb.gene)
pubmed)
radlex)
refseq)
rxnorm)
snomedct)
so)
ucum)
unii)